塩基置換導入プライマーの設計

1. 塩基配列を入力

下のテキストエリアにプライマーを設計する塩基配列を入力してください。

2. プライマーを設計する

1. 元の塩基配列(または元のアミノ酸配列)の右にある左右のボタン(と)を押して、プライマーを設計する領域が表示されるようにしてください。またはその右のテキストボックスに配列をいれ、検索をクリックしてプライマーを設計する領域が表示されるようにしてください。
2. プライマーの設計領域のを移動させ、プライマーが結合する範囲にあわせます。長さを変更する場合はプライマーの長さに適切な数値を入力するか、その左右にあるボタンで長さを調節してください。
3. プライマーの端に制限酵素サイトを付加する場合や、塩基置換を導入する場合は置換後の配列の右にあるテキストボックスに置換する配列を入力してください。一部の制限酵素の認識配列などは左の一覧から選択することもできます。置換配列の位置も左右のボタンで適当な位置に調整してください。
4. 設計中のプライマーの行にプライマーとなる塩基配列が表示されます。設計したプライマーのTmなどは画面下に表示されます。アンチセンス側のプライマーを作成するときには、右のアンチセンスのチェックを入れてください。塩基置換を導入したプライマーの場合、置換後のアミノ酸配列を確認してください。プライマーの性質についてさらに詳細を知るには詳細ボタンをクリックしてください。
5. ブラウザーのステータスバー(ウィンドウ下の領域)にはエラーメッセージなどが表示されます。適宜見てください。

設計中のプライマー: