快適個人用Linuxサーバー構築記

はじめに
サーバーを調達
Virtual Private Server を調達
SSHの設定
SSHでサーバーにログインして、SSHの設定を行う。
iptables
iptablesを設定してファイアウォールをつくる。
認証局
公開鍵の認証局をつくる。
Postfix
SMTPサーバー。
IMAPサーバー
IMAP & POP3サーバー。

ソフトウェアのつかいこなし

はじめに
Linuxのソフトウェア
Linuxで動く便利なソフトの使い方。
PHP
Excel
バーコードの作り方
バーコードを生成するプログラム。
Perlのスクリプト
Perlで開発したソフト。

開発室

はじめに
主にLAPPの話
ZendFramework Application
ZendFrameworkのApplicationを使って開発する。
文献職人
論文の引用文献(Reference)を作成するソフト
Google Logo Collector
Googleのロゴ収集プログラム。
Loading Circle Maker
コンピュータの待ち時間に表示する時計を作成するプログラム。
アクリルアミドゲル作成
希望する濃度のアクリルアミドゲル(SDS-PAGE用)を作成するのに必要な試薬量を計算します。
算数のおけいこ
小学生の算数のおけいこ。

クラスターコンピュータをつくる

雑記帳

はじめに
RAD-tag
ゲノムを二種類の制限酵素で切ったときに適当な長さの断片はどのぐらいとれるのか。
bwa
マッピングツールとしてbwaを使ってみる。
stats
PHPの統計ライブラリstats。

インストール

  1. ZendFrameworkをダウンロードします。
  2. 展開します。
  3. リンクをつくります。
# cd /usr/share/php
# unzip ~/download/ZendFramework-1.12.3.zip
# ln -s ZendFramework-1.12.3/library/Zend/

アプリケーションを作成

$ /usr/share/php/ZendFramework-1.12.3/bin/zf.sh create project sample
$ cd sample
$ tree
.
├── application
│   ├── Bootstrap.php
│   ├── configs
│   │   └── application.ini
│   ├── controllers
│   │   ├── ErrorController.php
│   │   └── IndexController.php
│   ├── models
│   └── views
│       ├── helpers
│       └── scripts
│           ├── error
│           │   └── error.phtml
│           └── index
│               └── index.phtml
├── docs
│   └── README.txt
├── library
├── public
│   └── index.php
└── tests
    ├── application
    │   └── controllers
    │       └── IndexControllerTest.php
    ├── bootstrap.php
    ├── library
    └── phpunit.xml

16 directories, 11 files
$ ln -s /usr/share/php/ZendFramework-1.12.3/bin/zf.sh
$ ./zf enable layout

application/configs/application.ini

phpSettings.display_startup_errors = 0
phpSettings.display_errors = 0
includePaths.library = APPLICATION_PATH "/../library"
bootstrap.path = APPLICATION_PATH "/Bootstrap.php"
bootstrap.class = "Bootstrap"
appnamespace = "Sample"
resources.frontController.controllerDirectory = APPLICATION_PATH "/controllers"
resources.frontController.params.displayExceptions = 0

resources.layout.layoutPath = APPLICATION_PATH "/layouts/scripts/"
resources.layout.viewSuffix = php

[staging : production]

[testing : production]
phpSettings.display_startup_errors = 1
phpSettings.display_errors = 1

[development : production]
phpSettings.display_startup_errors = 1
phpSettings.display_errors = 1
resources.frontController.params.displayExceptions = 1

/etc/httpd/conf.d/sample.conf

Alias /sample/ /some/where/sample/public/
<Directory "/some/where/sample/public/">
        Order deny,allow
        Allow from all
        Deny from all

        SetEnv APPLICATION_ENV development

        RewriteEngine On
        RewriteBase /content
        RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -s [OR]
        RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -l [OR]
        RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} -d
        RewriteRule ^.*$ - [NC,L]
        RewriteRule ^.*$ index.php
</Directory>

データベースへの接続設定

$ ./zf.sh configure db-adapter "adapter=pdo_pgsql&username=apache&password=password&dbname=sample"

application/configs/application.ini

resources.db.adapter = "pdo_pgsql"
resources.db.params.username = "apache"
resources.db.params.password = "password"
resources.db.params.dbname = "sample"