快適個人用Linuxサーバー構築記

はじめに
サーバーを調達
Virtual Private Server を調達
SSHの設定
SSHでサーバーにログインして、SSHの設定を行う。
iptables
iptablesを設定してファイアウォールをつくる。
認証局
公開鍵の認証局をつくる。
Postfix
SMTPサーバー。
IMAPサーバー
IMAP & POP3サーバー。

ソフトウェアのつかいこなし

はじめに
Linuxのソフトウェア
Linuxで動く便利なソフトの使い方。
PHP
Excel
バーコードの作り方
バーコードを生成するプログラム。
Perlのスクリプト
Perlで開発したソフト。

開発室

はじめに
主にLAPPの話
ZendFramework Application
ZendFrameworkのApplicationを使って開発する。
文献職人
論文の引用文献(Reference)を作成するソフト
Google Logo Collector
Googleのロゴ収集プログラム。
Loading Circle Maker
コンピュータの待ち時間に表示する時計を作成するプログラム。
アクリルアミドゲル作成
希望する濃度のアクリルアミドゲル(SDS-PAGE用)を作成するのに必要な試薬量を計算します。
算数のおけいこ
小学生の算数のおけいこ。

クラスターコンピュータをつくる

雑記帳

はじめに
RAD-tag
ゲノムを二種類の制限酵素で切ったときに適当な長さの断片はどのぐらいとれるのか。
bwa
マッピングツールとしてbwaを使ってみる。
stats
PHPの統計ライブラリstats。

wgetを使う

wgetはFTPサイトやWWWサイトからファイルをダウンロードするときに有用なツールです。

あるFTPサイトのあるディレクトリ以下のファイルを全部ダウンロードする

$ wget -r ftp://ftp.somesite/somedir1/somedir2/

こうすると現在のディレクトリにftp.somesite/somedir1/somedir2が作成されます。 そしてそこへsomedir2に存在するファイルが保存されます。 ftp.somesiteディレクトリが作成されないようにするには-nHをつけます。 さらにsomedir1をつけないようにするには--cut-dirs=1をつけます。

ファイルを指定してダウンロードする

$ wget ftp://ftp.somesite/somedir1/somedir2/filename

ファイル名の指定にはワイルドカード(*?)が使えます。

TCPDUMPを使う

いろいろな情報がウェブにはあふれていますが、それを自動でとってくるプログラムをよく開発しています。 そのとき、基本的にはHTMLフォームを解析して、サーバーに送るデータをつくるのですが、うまく動作しないときがあります。 そんなとき、きちんと動作するInternetExplorerなどのブラウザーとサーバーのやり取りをのぞいて、まねをするのが参考になります。

HTTPのやりとりは全てテキストデータなのでその内容が見られればGETやPOSTでデータを送信するときにどういう形式でデータを送るのかよくわかります。 これは特にJavaScriptなどをつかっているサイトとの生のデータのやり取りを見ることができ、自動化の手順を考えるときに役立ちます。

使い方

# yum install tcpdump
# tcpcump -XX -s 4098   -sオプションをつけて表示するデータの量を増やさないとHTTPの中身は見られません。
                        -XXオプションをつけるとどんなデータがやりとりされているか良くわかります。
# tcpcump -XX -s 4098 'dst www.google.com'  特定のホストに送信しているデータのみを表示します。
# tcpcump -XX -s 4098 'dst www.google.com or src www.google.com' 特定のホストとの送受信データを表示します

UnixのマニュアルをHTML形式にする

Unixのマニュアルページ(man page)をHTML形式のファイルに変更します。でも日本語が化けてしまうので英語のページしか使えません。今時googleで検索すれば世界中にman pageが公開されているので利用頻度は低いと思います。

$ zcat /usr/share/man/man1/man1.1.gz | man2html > file.html