快適個人用Linuxサーバー構築記

はじめに
サーバーを調達
Virtual Private Server を調達
SSHの設定
SSHでサーバーにログインして、SSHの設定を行う。
iptables
iptablesを設定してファイアウォールをつくる。
認証局
公開鍵の認証局をつくる。
Postfix
SMTPサーバー。
IMAPサーバー
IMAP & POP3サーバー。

ソフトウェアのつかいこなし

はじめに
Linuxのソフトウェア
Linuxで動く便利なソフトの使い方。
PHP
Excel
バーコードの作り方
バーコードを生成するプログラム。
Perlのスクリプト
Perlで開発したソフト。

開発室

はじめに
主にLAPPの話
ZendFramework Application
ZendFrameworkのApplicationを使って開発する。
文献職人
論文の引用文献(Reference)を作成するソフト
Google Logo Collector
Googleのロゴ収集プログラム。
Loading Circle Maker
コンピュータの待ち時間に表示する時計を作成するプログラム。
アクリルアミドゲル作成
希望する濃度のアクリルアミドゲル(SDS-PAGE用)を作成するのに必要な試薬量を計算します。
算数のおけいこ
小学生の算数のおけいこ。

クラスターコンピュータをつくる

雑記帳

はじめに
RAD-tag
ゲノムを二種類の制限酵素で切ったときに適当な長さの断片はどのぐらいとれるのか。
bwa
マッピングツールとしてbwaを使ってみる。
stats
PHPの統計ライブラリstats。

ソフトウェア開発室 (引越し中)

研究、趣味のために作成しているプログラムなどをおいてあります。興味のあるかたはお試しください。中身や動作結果についてはなんら保証できませんのでご注意ください。

お絵かきプラスミド

プラスミドや遺伝子の構造(イントロンやエキソンの位置)の図をベクトルで描く世界初のソフト(Excelのマクロ)。Microsoft Excelで図の大きさやマークの位置を入力すると図を描きます。

孝征の作成したソフトの中で一番よく利用され、一番役に立ったと思われる。

Excel97で開発していましたが、2003ぐらいまでは動くようです。Excel2008では動作しません。つくり直さないといけません。

LOMS 論文PDF管理ソフト

論文のPDFを管理するソフトです。またリファレンスを作成することもできます。

PHPとデータベース(PostgreSQLなど)をインストールしたサーバーで動かします。ユーザーはブラウザーでアクセスします。サーバーを大学内に設置すると論文のPDFをどこからでもダウンロードできるようになります。そこまでして仕事をしたくないという声も聞こえます。

孝征もほぼ毎日のように使っているので動作は安定しています。

文献職人 文献リスト作成ソフト

上記のLOMSから論文ダウンロード機能をなくし、リファレンス作成機能に絞ったもの。このウェブサイトで動いています。だれでも自由に使えます。

シークエンスツール for Excel

Excelでも塩基配列やアミノ酸配列をいじりたいという声に応え作成しました。めざせBioExcel。

自分しか使っていないのでかなり使いづらいでしょう。(お絵かきプラスミドよりかなり完成度が低いです。

塩基置換導入プライマー設計支援

塩基置換を導入するようなプライマーを簡単に設計できます。制限酵素サイトをいれたはいいがフレームがずれたという事故を劇的に減らします。

アクリルアミドゲル作成

希望する濃度のアクリルアミドゲル(SDS-PAGE用)を作成するのに必要な試薬量を計算します。

Google Logo Collecter

Googleのロゴを自動収集しています。